1985年9月，由于苏格兰著名教练斯坦的突然去世，教练团队中级别最高的成员弗格森接替了他的前任，成为了教练。这也导致他的中锋稍微偏离了阿伯丁，他在国家队服役后任命阿奇·诺克斯为阿伯丁的副经理。
弗格森率领苏格兰队参加了1986年的世界杯，但他们被淘汰出局，弗格森也卸下了这个重任。在俱乐部层面，他和诺克斯赢得了苏格兰联赛杯，并在第一轮进入决赛时保持进球不变。此外，苏格兰杯以微笑结束，但联赛就没那么幸运了。阿伯丁在那个赛季获得了第四名。
1986-87年:阿伯丁&曼彻斯特联队
1986年夏天，弗格森离开阿伯丁的话题逐渐增多。托特纳姆热刺和阿森纳都想介绍他，但弗格森拒绝了。他仍然以阿伯丁主教练的身份开始新赛季，但是在11月曼联任命弗格森为新教练。他最终同意离开，成为阿特金森的继任者。
尽管在第一场比赛中以0比2输给了牛津，弗格森很快控制了新球队，并在赛季结束时带领红魔队从第21名升至第11名。然而，足总杯第四轮输给考文垂也意味着他在曼联的开局一定会很慢。
1987-88:曼联
这是一个相对成功的赛季，他建立的球队已经开始成型。史蒂文·布鲁斯、维维·安德森、头号得分手布莱恩·麦克莱尔和其他人都已被新签下。那一年，他们获得了冠军的第一名。然而，曼联仍然在杯赛中苦苦挣扎，在足总杯第五轮输给了牛津，在联赛杯输给了阿森纳。
1988-89:曼联
这是弗格森在老特拉福德的第三个赛季，应该说有点困难。首先，该队在联赛中的糟糕表现仅排在中间。杯赛被提前淘汰，由于希瑟悲剧导致的欧洲禁赛，他们无法参加联盟杯。最好的结果是打进了100年的联赛杯决赛，但是以1-2输给了阿森纳。
1989-90:曼联
荣誉:足总杯冠军
弗格森的曼联继续在联赛中挣扎，第13名是该队15年来最差的成绩。然而，1990年足总杯是弗格森爵士在老特拉福德赢得的众多奖杯中的第一个，当时他们以李·马汀1-0战胜水晶宫赢得了决赛。
1990-91:曼联
荣誉:欧洲优胜者杯冠军
这是弗格森的第二个冠军奖杯，也是他第一次在曼联。马克·休斯在决赛中梅开二度，红魔以2-1战胜巴萨赢得冠军，这也是曼联近四分之一世纪以来的第一次欧洲杯。此外，他们分别击败利物浦和阿森纳晋级联赛杯决赛，但在周三的决赛中以0-1输给了谢。本赛季的联赛成绩终于有所提高，最终在老英格兰排名第六，尽管比冠军阿森纳少了24分。
1991-92年:联合
荣誉:欧洲超级杯冠军，联赛杯冠军
这是最后一场联赛。在弗格森的领导下，曼联第一次显示出挑战联赛冠军的迹象。红魔队在开始时保持不败，在新年前只输了两场比赛。他们在本赛季的大部分时间里都是领头羊，但是他们输给了利兹联队。弗格森执教曼联后第一次接近联赛冠军，但他们彼此很接近。然而，他们在赛季初以1-0战胜贝尔格莱德红星队赢得了欧洲超级杯，并自那以来第一次带领球队赢得了联赛杯。
