有数据表明，近20年来学生体质健康呈逐渐下降趋势，尤其是耐力素质方面下降较多，在清华学生身上也有所体现。以全校学生长跑成绩的变化为例，从2003年开始，连续6年清华学生的长跑成绩总体上呈下降趋势，考虑到现代大学生们受到网络等因素影响，锻炼时间严重减少，每周一次的体育课上长跑锻炼无法达到提高学生身体素质的要求。2008年，清华大学结合自身的优良传统，在大一和大二年级学生中尝试开展“阳光长跑”活动，要求学生每周除上一次体育课外，还要在下午4点以后至少参加2次课外锻炼，每次男生完成 3000m跑、女生完成2000m跑。
八十年代清华学生在圆明园跑步
课外长跑锻炼和课上长跑测试共同占到了体育课分数的30%，保证大一和大二学生每周有 2～ 3 次长跑锻炼。1年后，清华学生的长跑成绩止跌反弹，开始逐渐回升，其中女生更是有逐年提高的趋势，阳光长跑活动取得了明显的成效。经过近几年的不断完善，“阳光长跑”活动方案不断细化，更加贴近学生实际情况，锻炼要求更加人性化、科学化，较好地满足了学生的锻炼需求。至今，清华 1～3 年级本科生都要参加体育课上的长跑考核，一、二年级学生全年都要按要求参加“阳光长跑”。
2010年，由于部分学校在长跑比赛中发生意外情况，清华也曾经考虑取消3000米和1500米测试，改为教育部统一规定的1000米和800米。但消息传出后遭到了很多在校师生甚至校友的强烈反对，清华学生体育课上测3000米和1500米的传统也得以坚持。为此中央电视台在2012年对清华的长跑传统专门进行了报道和宣传。
近年来，“北马”限制参赛人数，2014年清华只有两百多人成功报名。为了满足同学们参加比赛的愿望，清华决定从2015起举办校园马拉松赛，并成为“校庆月”的特色活动之一。“清马”至今已成功举办5届，每次都吸引超过3000名清华师生校友参赛。校园马拉松，作为延续清华体育传统和体育精神的新生事物，在春天的清华园里将会散发出更强大的生命力。
男生3000米
一系列举措，促使清华学生的身体素质提高十分明显。通过对参加清华自主招生体质测试后进入清华的2012级学生进行跟踪测试，结果显示：《国家学生体质健康标准》得分由高三临毕业时的平均57.5分提高到大一时的67.5分、大二时的71.8分。优良率从高三时的8.4% 提高到大一时的31.5% 、大二时的39.3%，这些学生在进入大学阶段以后体质状况明显得到改善。据另一项跟踪测试结果表明，台阶运动试验测试良好率从入学前的10.2%到入学半年后上升为36.8%、入学一年半即大二上学期结束时优良率达到45.5%，表明学生的耐力素质明显提高，说明长跑起到了重要效果，在学生体质提高方面发挥了非常重要的作用。
